Le cluster est facturé dès qu'il est provisionné qu'il soit utilisé ou pas. Du coup, le mieux serait de le supprimer si on n'a pas prévu de l'utiliser quelques jours et de le récrée plus tard.
Les données elles étant dans votre Azure Storage elles ne sont pas perdues.
http://blogs.msdn.com/b/carlnol/archive/2013/12/02/managing-your-hdinsight-cluster-and-net-job-submissions.aspx